Jika mendengar kata pesantren maka dalam benak kita adalah kekolotan atau sebuah tradisionalisme, tidak salah orang berpandangan demikian karena memang sistem pendidikan pertama di negara kita adalah pesantren, di samping kelebihan sistem ini ada juga kekurangan atau kelemahannya sehingga orang masih menganggap kolot, diantaranya adalah pola kehidupannya mencontoh orang-orang sufi (pelaku tasawwuf), sehingga dalam pandangan kebanyakan orang, terlihat kumuh dan tidak terawat dengan baik serta kurang memperhatikan unsur keduniawian. Selain itu juga kurangnya kemampuan dalam menalar, karena doktrin harus menghafal sehingga juga banyak yang kurang memahami pelajaran yang dihafalnya. Pesantren juga cenderung mempertahankan kitab-kitab lama dan kurang mengikuti perkembangan kitab-kitab terbaru dengan problematika yang terjadi di masyarakat. Pesantren terkenal dengan Fanatisme Madzhab atau fanatik terhadap salah satu pendapat tertentu dengan tanpa mempelajari madzhab lainnya, sehingga ketika ada persoalan dalam masalah fiqih terjadi pertentangan dan saling menyalahkan.
Setidaknya ada beberapa pembaharuan yang harus dilakukan oleh lembaga pesantren, yang pertama adalah Pembaharuan Metode Pembelajaran, Model pembelajaran pesantren pada mulanya populer menggunakan metodik-didaktif dalam bentuk sorogan, bandongan, halaqah dna hafalan ( Nahrawi, 2008:27). Menurut Mastahu yang dikutip oleh Nahrawi, pembaharuan metode pembelajaran mulai terjadi sekitar abad ke-20 atau tepatnya sekitar tahun 1970-an. Dari pola sorogan berubah menjadi sistem madrasi atau klasikal. Tidak hanya itu, beberapa pendidikan keterampilan juga mulai masuk ke dunia pesantren.
Kedua, Pembaharuan kurikulum, Dalam perkembangannya, hampir setiap pesantren telah melakukan pembaharuan kurikulum dengan memasukan pendidikan umum dalam kurikulum pesantren. Sifatnya bervariasi, ada pesantren yang memasukan pendidikan 30% agama dan 70% umum, ada pula yang sebaliknya, yakni 80% agama dan sisanya pelajaran umum ( Nahrawi, 2008:29).
Ketiga, Pembaharuan Evaluasi, Kemampuan santri biasanya, dievaluasi dengan keberhasilannya mengajarkan kitab kepada orang lain. Jika audensi merasa puas, maka hal itu santri yang bersangkutan dinilai telah lulus. Legalisasi kelulusannya adalah restu kiai bahwa santri tersebut diizinkkan pindah mempelajari kitab lain yang lebih tinggi tingkatannya dan boleh mengajarkan kitab lain yang lebih tinggi tingkatannya dan boleh mengajarkan kitab yang dikuasainya kepada orang lain ( Nahrawi, 2008:30).
Dan terakhir adalah Pembaharuan Organisasi/Manajemen, Seorang kiai sangat penting perannya dalam organisasi malah sebagai pengendali dan pengembang pesantren sesuai dengan visinya. Dan dalam konteks pembaharuan manajemen, meskipun peran kiai dipandang penting, tetapi kiai tidak ditempatkan pada posisi penentu kebijakan secara tunggal. Dari sini kerja dimulai dengan pembagian unit-unit kerja sesuai aturan yang ditetapkan pimpinan pesantren ( Nahrawi, 2008:31)
Ketiga, Pembaharuan Evaluasi, Kemampuan santri biasanya, dievaluasi dengan keberhasilannya mengajarkan kitab kepada orang lain. Jika audensi merasa puas, maka hal itu santri yang bersangkutan dinilai telah lulus. Legalisasi kelulusannya adalah restu kiai bahwa santri tersebut diizinkkan pindah mempelajari kitab lain yang lebih tinggi tingkatannya dan boleh mengajarkan kitab lain yang lebih tinggi tingkatannya dan boleh mengajarkan kitab yang dikuasainya kepada orang lain ( Nahrawi, 2008:30).
Dan terakhir adalah Pembaharuan Organisasi/Manajemen, Seorang kiai sangat penting perannya dalam organisasi malah sebagai pengendali dan pengembang pesantren sesuai dengan visinya. Dan dalam konteks pembaharuan manajemen, meskipun peran kiai dipandang penting, tetapi kiai tidak ditempatkan pada posisi penentu kebijakan secara tunggal. Dari sini kerja dimulai dengan pembagian unit-unit kerja sesuai aturan yang ditetapkan pimpinan pesantren ( Nahrawi, 2008:31)
Dengan upaya pembaharuan dalam sistem pendidikan pesantren diharapkan akan membawa perubahan yang nyata demi kemajuan pesantren sebagai lembaga pendidikan tertua di Indonesia. Salam super